Viral gastroenterit-PCR

Medicinsk bakgrund

Gastroenteritblocket analyserar adenovirus, astrovirus, norovirus genogrupp I, norovirus genogrupp II, sapovirus och rotavirus. Dessa virus kan orsaka utbrott av gastroenterit på institutioner och vårdavdelningar, men också livsmedelsrelaterade utbrott, t ex av importerade frysta bär som kontaminerats av förorenat vatten. I Sverige orsakas merparten (> 80 %) av gastroenterit förvärvad på sjukhus av en särskild typ (GII.4) av norovirus genogrupp II som tillsammans med norovirus genogrupp I och sapovirus utgör s.k. calicivirus. Rotavirus är ett RNA-virus har länge varit den vanligaste orsaken till gastroenterit hos barn i U-länder och i Sverige, men kan även orsaka nosokomiala utbrott av gastroenterit hos äldre. Introduktion av generell barnvaccination mot rotavirus har i många länder (inklusive Sverige sedan 2019) och har minskat allvarlig rotavirusorsakad diarré.

Indikation

Diarreér med misstanke om virusorsakad gastroenterokolit.

I analysen ingår:

Adenovirus

Astrovirus

Calicivirus (Norovirus och Sapovirus)

Rotavirus

Frekvens

Analyseras alla dagar i veckan, 1-2 ggr per dag, ej akut analys. Svaret går till Melior.

Beställning

Beställningsblankett Klinisk mikrobiologi NÄL Uddevalla

Elektronisk ROSP

Elektronisk Assynja Visph

Information: Uppge patientens namn och personnummer samt provtagningsdatum. Ange avsändare och ev svarsmottagare och ansvarig läkares VGR-ID. Kryssa i Viral gastroenterit PCR och ange provmaterial/provlokal samt aktuell antibiotikabehandling. Ange relevanta kliniska data ex blodiga diarrér, smittspårning eller insjukningsort.

Provtagningsmaterial och provtagning

Feces, kräkning

Burk med brun kork och sked.

Cirka 2-3 ml feces/kräkning överförs till provburken. Skruva åt korken ordentligt.

Provhantering

Hållbarhet 1 dygn

Kylförvaring 2-8°C

Transport

Kyltransport

Svar

Prover som lämnats till laboratoriet före kl 11 besvaras samma dag. Provsvaret går till Melior.

Metod

PCR

Ackrediterad

Nej