Bakteriell gastroenterit-PCR

Medicinsk bakgrund

Påvisande av Salmonella spp, Shigella/EIEC, Y. erterocolitica och EHEC kräver odling för stamisolering, ytterligare typning, påvisande av virulensfaktorer och smittskyddsanmälan enligt gällande lag.

Antibiotikabehandling har dålig effekt på de flesta tarminfektioner och kan dessutom förlänga asymtomatiskt bärarskap. Därför utförs resistensbestämning endast i undantagsfall (t ex för Shigella ssp).

Analysen lämpar sig bäst som primärdiagnostik och sämre som uppföljning, eftersom den påvisar både levande bakterier, vid sjukdom eller asymtomatiskt bärarskap, och avdödade bakterier även längre tid efter utläkt infektion.

Som regel räcker det med ett prov för att vid akut gastroenterit
konfirmera eller utesluta infektion med någon av ovanstående mikrober. Ibland kan dock utsöndringen av bakterier ske intermittent - detta gäller framför allt Shigellainfektioner. I sådana fall rekommenderas upprepade provtagningar, som skickas till laboratoriet omedelbart efter det att provet
tagits.

Observera att för personer som hanterar livsmedel eller utför vårdarbete gäller speciella bestämmelser vid risk för, misstanke om eller vid konstaterad
diarrésjukdom.

Indikation

Primärdiagnostik vid bakteriell gastroenteritkolit, samt smittspårning och hälsokontroll.

I analysen ingår:

Salmonella species

Shigella species

EIEC (enteroinvasiv E.coli)

EHEC (enterohemorragisk E.coli)

ETEC (entertoxinbildande E.coli)

Campylobacter jejuni/coli

Yersinia enterocolitica (ej Y. pseudotuberculosis)

Plesiomonas shigelloides

Vibrio species

Detta test ersätter fecesodling som primäranalys.

Fecesodling kan dock komplettera undersökningen avseende arter som inte ingår i PCR-panelen (t. ex Yersinia pseudotuberkulosis, Aeromonas mm) Därför är det viktigt att ange dem som frågeställning på beställningsblanketten.

Frekvens

Måndag till söndag, dagtid.

Beställning

Beställningsblankett gul A5:

Kryssa i rutan för Bakteriell gastroenterit-PCR.
Ange inhemsk eller utlandsförvärvad smitta med landet.
Relevanta kliniska data ex blodiga diarrér, smittspårning, insjukningsort. Övrigt: Vid stamisolering eller kontroll av bärarskap, ange bakterie.
Ange särskild frågeställning ex Aeromonas.

Assynjabeställning

F-Bakt gast PCR

Provmaterial

Feces (färsk avföring)

Rectumprov (färsk material)

Provtagningsmaterial

Provtagningsset eSwab transportmedium vit skruvkork, regular pinne, art.nr 103 605 440.

Burk med brunt skruvlock och sked, art.nr 200000942.

Provtagning

Feces

Samla upp färsk avföring på uppsamlingspapper eller toalettpapper och doppa provtagningspinnens topsdel på 4-5 ställen i avföringen. För sedan ner pinnen i eswabröret, bryt av den vid brytskåran, kasta bort den avbrutna delen och skruva noggrant på korken.

Rectum

Tänk på att patienten ska ha bajsat samma dag eller högst dagen före provtagnignen.

För in provtagningspinnens topsdel ca 2 cm i rectum och rotera pinnen noggrant. Kontrollera att det finns synlig färsk avföring på pinnen. För sedan ner pinnen i eswabröret, bryt av den vid brytskåran, kasta bort den avbrutna delen och skruva noggrant på korken.

Hållbarhet, förvaring och transport

Hållbart 2 dygn i eSwab transportmedium, med undantag för Shigella där hållbarheten är 1 dygn. Prov i fecesburk är hållbar 1 dygn.
Kylförvaring 2-8°C
Kyltransport

Svar

Svar inom 1-3 dygn.

Svarsalternativ: Bakteriell gastroenterit-PCR negativ.

Positiv besvaras: Bakterienamnet påvisad med PCR, isolering av bakterien pågår. Svar inom 1-3 dygn.

Ev odling besvaras: Växt av eller Ingen växt av, följt av bakteriens namn.

Svarstid PCR: 1-3 dygn. Svarstid odling/isolering: 1-3 dygn.

OBS!

Nyupptäckt salmonella, shigella och EHEC telefonbesvaras.
Salmonellastammar isolerade från person som har smittats eller kan ha smittats inom Sverige skickas till referenslaboratorium för typning. Svaret tar ca 1 vecka. Övriga salmonellastammar typas på begäran av provtagare som också debiteras för typningskostnaden.

Övrig information

Efter genomgången salmonellainfektion är patienten som
regel smittbärare i 1-3 månader, i enstaka fall längre. Efter shigellainfektion
är smittbärartiden i genomsnitt ca en månad.
Efter campylobacterinfektion är hälften smittfria inom två veckor, 90 % inom fem veckor.
Infektioner med salmonella, shigella, yersinia och campylobacter är anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen.

Mätprincip

PCR (polymeras chain reaction). Analysen påvisar bakteriens DNA.

Odling utförs där PCR påvisat agens, frågeställning Aeromonas eller smittspårning mm.

Ackrediterad

Ackrediterad för Salmonella spp, Shigella/EIEC (enteroinvasiv E. coli), Campylobacter jejuni/coli, Yersinia enterocolitica och EHEC (enterohemorragisk E. coli).

Ej ackrediterad för ETEC (enterotoxigen E. coli), Vibrio spp*och Plesiomonas shigelloides.